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El cálculo del pago de licencias médicas en Chile depende del tipo de licencia, la entidad pagadora (Fonasa, Isapre o Compin) y la remuneración imponible del trabajador. En términos generales, el subsidio se determina a partir del promedio de las remuneraciones imponibles de los meses anteriores al inicio de la licencia, considerando topes legales y días cubiertos.
Desde la gestión de Recursos Humanos, es clave llevar un control preciso de fechas, días autorizados, entidad previsional y montos para evitar errores en pagos, cotizaciones y reportes. Plataformas como Rex+ permiten centralizar la información de licencias médicas electrónicas, vincularlas automáticamente a ausencias y remuneraciones, y facilitar el seguimiento del subsidio, asegurando cumplimiento normativo y trazabilidad para la empresa.
Si un trabajador se enferma o tiene un accidente puede solicitar una licencia médica que le permita justificar su falta y evite que sus beneficios sean descontados.
¿Qué es el COMPIN?
En primer lugar es importante destacar que es el COMPIN, sus siglas significan la Comisión de Medicina Preventiva e Invalidez y es la que se encarga de tramitar las licencias médicas. Cabe destacar que este tipo de permisos tienen que estar respaldados por una orden médica que lo avale.
Partiendo de ello, el jefe deberá encargarse de remunerar los servicios efectivamente prestados por el empleado según el Código de Trabajo. Luego de eso es el Subsidio de incapacidad laboral quien se encarga de remunerar los días contabilizados dentro de la licencia médica.
Este último monto sirve para reemplazar los pagos correspondientes a ese día de trabajo.
Las licencias médicas que se pueden solicitar suelen ser de:
Tipo 1: Enfermedad o accidente común.
Tipo 2: Medicina preventiva.
Tipo 3: Pre y Postnatal.
Tipo 4: Enfermedad del niño menor del año.
Tipo 5: Accidente del trabajo o del trayecto.
Tipo 6: Enfermedad profesional.
Tipo 7: Patologías del embarazo.
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¿Quién se encarga de pagar las licencias médicas electrónicas?
Todo va a depender de la institución a la que esté afiliado el empleado y la empresa como tal, por ejemplo, si el empleado está suscrito al Fondo Nacional de Salud (FONASA), este será el encargado de pagar la licencia médica por medio de la Comisión de Medicina Preventiva e Invalidez (COMPIN).
Ahora, si el trabajador está afiliado a ISAPRES, es esta institución quien asume la remuneración de manera directa. Todo dependerá del ente al que estén suscritos los trabajadores.
¿Cómo calcular el pago de licencias médicas?
El pago de las licencias médicas suelen hacerse en relación con los días trabajados, más el cálculo de las remuneraciones normales. Es decir, divide el sueldo base que percibe el trabajador mensualmente en 30 y el producto obtenido debe de multiplicarlo por la cantidad de días que faltan para completar el mes.
Ahora te lo vamos a explicar en números para que sea mucho más sencillo de entender. Por ejemplo, supongamos que es 31 de marzo y la última semana el trabajador no se presentó a trabajar porque solicitó una licencia médica.
Su sueldo base es 480.000$ y este debe dividirse en los 30 días del mes, lo cual da un resultado de 16.000$ pesos por día. Ahora, si diario hace esa cantidad, vamos a multiplicarlo por el número de días que realmente trabajó que fueron 24 esto da un total de 384.000$ de remuneración a pagar.
La idea con esto es definir cuál es el salario diario del trabajar para a partir de allí definir cuánto se le va a descontar. El restante debe ser pagado por las instituciones pertinentes que son los días de permiso.
¿Quién paga las cotizaciones durante una licencia médica?
Cabe destacar que durante los días de licencia médica igualmente debe cotizarse todo lo relacionado a la pensión y a la salud. Esta responsabilidad le corresponde a la entidad que se encarga de pagar el subsidio.
En esto hay que hacer un pequeño inciso, pues los tres primeros días de licencia no generan subsidio ni obligación al empleador para remunerar.
Sumado a ello, de acuerdo a lo descrito por la Superintendencia de Pensiones, cuando el trabajador tiene un contrato a plazo indefinido la cotización es de 0,6% y debe ser asumida por la entidad pagadora del subsidio. El 2,4% restante debe seguir siendo aportado por el empleador.
Ahora, si el contrato del trabajador es a plazo definido la cotización del 3% de su salario imponible continúa siendo asumida por el jefe de la empresa.
¿Cuál es el plazo para entregar la licencia médica al empleador?
Para poder recibir el pago y el permiso correspondiente a las licencias médicas el empleado debe asegurarse de entregarla en un plazo específico. Solo así podrá obtener el beneficio de la ley, aquí te diremos cuáles son los pasos.
- Trabajadores del sector privado: 2 días hábiles desde el momento que empieza el reposo.
- Trabajadores del sector público: 3 días hábiles desde el momento del reposo.
- Independientes: Dos días hábiles siguientes a su fecha de emisión.
- Empleadores: Envían las licencias médicas al organismo correspondiente 3 días hábiles luego de la recepción del documento.
Cabe destacar que el empleador no puede rechazar una licencia médica, son los organismos del COMPIN O las ISAPRES quienes se encargan de definir si esta licencia procede o no. En este caso, la tarea del jefe es recibir el documento.
¿Quieres solicitar una licencia médica? Ahora puedes hacerlo, pues ya cuentas con toda la información pertinente.
Preguntas frecuentes sobre licencias médicas
Conoce en nuestro blog las preguntas más frecuentes sobre estos documentos y cómo gestionarlos.
Un software de remuneraciones en Chile debe permitir la gestión automática de cotizaciones previsionales y de salud, considerando AFP, Isapres y Fonasa, de acuerdo con la normativa vigente.
Rex+ incorpora esta integración dentro de su motor de cálculo de remuneraciones, permitiendo:
Calcular automáticamente las cotizaciones previsionales y de salud.
Generar reportes claros para revisión y pago.
Reducir errores manuales en procesos críticos del cierre de remuneraciones.
Esto facilita el cumplimiento normativo y ahorra tiempo operativo al área de Recursos Humanos.
Las plataformas digitales para gestionar licencias médicas permiten a las empresas centralizar, registrar y hacer seguimiento de las licencias de sus trabajadores, ya sean médicas, maternales o por accidente común.
En el caso de Rex+, la gestión de licencias médicas se integra al ecosistema de Recursos Humanos y remuneraciones, lo que permite:
Registrar licencias médicas de forma ordenada y trazable.
Asociarlas directamente al trabajador y a su período de pago.
Considerar automáticamente la información para el cálculo correcto de remuneraciones y ausencias.
Esto ayuda a RR.HH. a mantener control y respaldo frente a fiscalizaciones o revisiones internas.
Sí. Hoy existen aplicaciones móviles y portales de autoservicio que permiten a los colaboradores revisar información relacionada con sus licencias médicas.
En plataformas como Rex+, los trabajadores pueden:
Visualizar licencias médicas registradas en el sistema.
Revisar períodos de ausencia asociados a su historial laboral.
Mantener transparencia sobre cómo estas licencias impactan sus pagos y registros.
Este tipo de acceso reduce consultas repetitivas al área de RR.HH. y mejora la experiencia del colaborador.
Sí. Existen software especializados para empresas que permiten gestionar licencias médicas como parte integral de la administración de personas.
Rex+ ofrece una solución que:
Centraliza la información de licencias médicas por trabajador.
Vincula las licencias con ausencias, remuneraciones y contratos.
Ayuda a cumplir con la normativa laboral chilena de forma ordenada y auditable.
Este enfoque es especialmente útil para empresas con alta dotación, múltiples licencias simultáneas o necesidad de reportabilidad clara para la gestión interna.
