¿Quién paga las licencias médicas? Esta es una de las preguntas más frecuentes en el ámbito laboral cuando un trabajador debe ausentarse por motivos de salud. Comprender este proceso es fundamental para los equipos de Recursos Humanos y los encargados de la gestión de personas. Una mala gestión puede generar retrasos en los pagos, rechazos injustificados y desinformación entre los trabajadores. Este artículo entrega una guía completa y actualizada sobre el funcionamiento del sistema en Chile, incluyendo los roles de Fonasa, Isapres, empleadores y trabajadores, con base en la legislación vigente y fuentes oficiales.
¿Qué es una licencia médica y cuándo se paga?
La licencia médica es un documento legal emitido por un profesional de la salud que acredita que un trabajador necesita ausentarse de sus funciones por motivos médicos. Esta puede ser por enfermedad común, accidente, maternidad, enfermedad grave del hijo menor de un año, entre otras causas.
El derecho al pago de una licencia médica se activa cuando:
El trabajador tiene un contrato vigente.
Ha cotizado al menos 3 meses en el sistema de salud (Fonasa o Isapre).
La licencia es entregada y validada dentro de los plazos establecidos.
El proceso comienza cuando el trabajador acude a un centro de salud, recibe la licencia médica y la entrega a su empleador, quien debe remitirla a la entidad correspondiente (COMPIN o Isapre) para su validación. Este paso es clave para iniciar el proceso de pago de subsidios por incapacidad laboral.
¿Quién paga las licencias médicas según el tipo de afiliación?
Fonasa
Los trabajadores afiliados a Fonasa deben entregar su licencia al empleador, quien la remite a la Comisión de Medicina Preventiva e Invalidez (COMPIN) para su revisión. Si es aprobada, Fonasa paga el subsidio por incapacidad laboral (SIL) correspondiente a los días de licencia, desde el cuarto día en adelante (o desde el primer día si la licencia es superior a 10 días).
El monto del subsidio depende de la remuneración promedio imponible de los últimos tres meses.
Isapre
Los afiliados a Isapre deben seguir un proceso similar, pero con validación de la contraloría médica de la Isapre. Esta entidad revisa el fundamento médico y puede rechazar o reducir días si considera que la licencia no está justificada.
Los pagos también se realizan desde el cuarto día, salvo licencias extendidas. El monto del subsidio se calcula con base en el ingreso promedio imponible, al igual que en Fonasa.
Diferencias operativas clave que RR.HH. debe conocer
Fonasa opera mediante COMPIN, Isapres usan contraloría propia.
Las Isapres suelen exigir documentación médica adicional.
Los plazos de evaluación y pago pueden variar entre ambas.
Por eso, el área de Recursos Humanos debe tener claridad sobre el sistema de salud del trabajador y los procedimientos correspondientes para evitar demoras o rechazos.
¿Quién paga las licencias médicas en empresas privadas?
En el caso de empresas privadas, muchas veces surge la duda sobre quién paga las licencias médicas cuando se trata de períodos cortos o rechazos parciales. Si la licencia es aprobada por Fonasa o la Isapre, el subsidio lo paga directamente el sistema previsional. El empleador no debe pagar directamente el sueldo de esos días, a menos que se trate de una política interna distinta.
El rol del empleador: obligaciones y límites
¿Cuándo paga la empresa los primeros tres días?
En general, el empleador no está obligado a pagar los tres primeros días de una licencia médica inferior a 11 días. Este período se conoce como “carencia” y no es cubierto por Fonasa ni por Isapre.
Sin embargo, algunas empresas optan por pagar esos días como parte de sus beneficios internos o convenios colectivos.
¿Qué debe gestionar RR.HH.?
El área de RR.HH. debe:
Recepcionar la licencia médica firmada y entregarla a la entidad correspondiente en un plazo de 3 días hábiles.
Registrar correctamente los datos del trabajador y la empresa.
Realizar el seguimiento del estado de aprobación.
Importancia de cumplir plazos de entrega y recepción
No cumplir con los plazos puede derivar en rechazo de la licencia y pérdida del subsidio, lo que afecta directamente al trabajador. Además, puede generar conflictos legales si se considera un incumplimiento de obligaciones laborales.
Plan DO: Impulsa el desarrollo organizacional
conoce, nuestras soluciones para fomentar el desarrollo organizacional a través de tecnología y decisiones acertadas.
Licencias cortas (menos de 4 días): ¿quién se hace cargo?
En Chile, si una licencia médica es por 1, 2 o 3 días, ninguna entidad previsional la cubre. Esto significa que:
Fonasa y Isapres no pagan subsidios por licencias tan breves.
El empleador no está legalmente obligado a cubrir esos días.
Posibles políticas internas de empresa
Algunas empresas, en su afán por ofrecer mejores condiciones laborales, optan por pagar licencias cortas como parte de beneficios internos. RR.HH. debe tener claras estas políticas y comunicarlas oportunamente.
Errores frecuentes y cómo evitarlos en RR.HH.
Rechazo por presentación fuera de plazo
Es uno de los errores más comunes. La ley exige que las licencias se entreguen:
Al empleador: dentro de 2 días hábiles desde su emisión.
A la COMPIN o Isapre: dentro de 3 días hábiles desde su recepción.
Si no se cumple, puede rechazarse la licencia y el trabajador quedar sin remuneración por ese período.
Afiliaciones mal registradas
Errores en el registro del sistema de salud del trabajador pueden llevar a que se envíe la licencia a la entidad incorrecta, provocando demoras o rechazo.
Falta de información al trabajador
Muchos trabajadores desconocen sus derechos y plazos. RR.HH. debe fomentar la comunicación clara y entregar informativos sobre:
Procedimientos de entrega de licencias.
Contacto con Fonasa o Isapre.
Estado de tramitación.
Revisa una solución digital para gestionar esto en Rex+.
Conclusión
Saber quién paga las licencias médicas y cómo opera el sistema en Chile es clave para una gestión eficiente de personas. Tanto Fonasa como Isapre tienen diferencias relevantes, y el rol de RR.HH. es fundamental para evitar errores y asegurar que los trabajadores reciban el beneficio al que tienen derecho.
Un buen sistema de gestión como Rex+ puede facilitar este proceso, evitando demoras y mejorando la experiencia laboral de todos los colaboradores.
¡Descarga nuestras guías gratuitas!
Contenidos sobre remuneraciones, clima laboral, Ley Karin y más.
