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- El cálculo del subsidio licencia médica Chile depende del tipo de licencia, la entidad pagadora (Fonasa, Isapre o Compin) y la remuneración imponible licencia médica del trabajador. En términos generales, el subsidio se determina a partir del promedio remuneraciones licencia médica de los tres meses anteriores al inicio del reposo, considerando topes legales y días cubiertos.
- Desde la gestión de Recursos Humanos, es clave llevar un control preciso de fechas, días autorizados, entidad previsional y montos para evitar errores en pagos, cotizaciones y reportes. Plataformas como Rex+ permiten centralizar la información de licencias médicas electrónicas, vincularlas automáticamente a ausencias y remuneraciones, y facilitar el seguimiento del pago de subsidio licencia médica, asegurando el cumplimiento normativo y la trazabilidad para la empresa.
Si un trabajador se enferma o tiene un accidente puede solicitar una licencia médica que le permita justificar su falta y evite que sus beneficios sean descontados.
¿Qué es el COMPIN?
En primer lugar es importante destacar qué es el COMPIN. Sus siglas significan Comisión de Medicina Preventiva e Invalidez y es la entidad que se encarga de tramitar las licencias médicas de los trabajadores afiliados a Fonasa. Cabe destacar que este tipo de permisos tienen que estar respaldados por una orden médica que lo avale.
Partiendo de ello, el empleador deberá encargarse de remunerar los servicios efectivamente prestados por el empleado según el Código de Trabajo. Luego de eso es el Subsidio por Incapacidad Laboral (SIL) quien se encarga de remunerar los días contabilizados dentro de la licencia médica.
Este último monto sirve para reemplazar los pagos correspondientes a ese día de trabajo.
Las licencias médicas que se pueden solicitar suelen ser de:
- Tipo 1: Enfermedad o accidente común.
- Tipo 2: Prórroga de Medicina Preventiva.
- Tipo 3: Pre y Postnatal.
- Tipo 4: Enfermedad del niño menor de un año.
- Tipo 5: Accidente del trabajo o del trayecto.
- Tipo 6: Enfermedad profesional.
- Tipo 7: Patologías del embarazo.
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¿Quién se encarga de pagar las licencias médicas electrónicas?
Todo va a depender de la institución a la que esté afiliado el empleado. Si el empleado está suscrito al Fondo Nacional de Salud (FONASA), este será el encargado de pagar la licencia médica por medio de la Comisión de Medicina Preventiva e Invalidez (COMPIN).
Ahora, si el trabajador está afiliado a una ISAPRE, es esta institución quien asume el subsidio por licencia médica Chile de manera directa, generalmente a través de su Departamento Médico. Todo dependerá del ente al que estén suscritos los trabajadores.
Existe una excepción importante: los funcionarios del sector público no reciben SIL, ya que el empleador les mantiene la remuneración íntegra durante toda la licencia médica.
¿Cómo calcular el pago de licencias médicas?
El calculo licencia medica combina dos componentes que muchas veces se confunden: lo que paga el empleador por los días efectivamente trabajados y lo que paga la entidad previsional (Fonasa o Isapre) por los días de reposo.
Paso 1: Lo que paga el empleador (días trabajados)
El sueldo base se divide en 30 y el resultado se multiplica por la cantidad de días que el trabajador efectivamente asistió.
Por ejemplo, supongamos que es 31 de marzo y la última semana el trabajador no se presentó porque solicitó una licencia médica. Su sueldo base es $480.000, que dividido en los 30 días del mes da un resultado de $16.000 pesos por día. Multiplicado por los 24 días que efectivamente trabajó, da un total de $384.000 que el empleador debe pagar como remuneración.
Paso 2: Lo que paga la entidad pagadora (subsidio por los días de licencia)
Aquí entra el cálculo subsidio incapacidad laboral. La fórmula legal, regulada por SUSESO y el D.F.L. N°44, es:
- Subsidio diario = (Suma de remuneraciones imponibles netas de los 3 meses anteriores al inicio del reposo) ÷ 90
A esa base de cálculo licencia médica se le descuentan las cotizaciones previsionales (AFP, salud y, cuando corresponde, impuesto único). El resultado es el subsidio diario que recibirá el trabajador, multiplicado por los días con derecho a pago.
| Factor | Descripción | Detalle 2026 |
|---|---|---|
| Base de cálculo | Promedio de remuneraciones imponibles netas de los 3 meses previos al inicio del reposo. | Dividida por 90 para obtener el subsidio diario. |
| Tope imponible | Monto máximo sobre el que se calcula el subsidio. | 90 UF mensuales (vigente desde febrero 2026). |
| Días de carencia | Días iniciales sin pago de subsidio. | 3 días si la licencia es ≤ 10 días; 0 días si es > 10 días. |
| Entidad pagadora | Quién financia el subsidio. | Compin (Fonasa) o Isapre, según afiliación del trabajador. |
| Cotizaciones durante la licencia | Quién paga AFP y salud durante el reposo. | La entidad pagadora del subsidio mantiene las cotizaciones. |
| Tipo de contrato | Afecta el reparto de la cotización al seguro de cesantía. | Indefinido: 0,6% paga la entidad / 2,4% el empleador. Plazo fijo: 3% el empleador. |
Paso 3: Aplicar la regla de los días de carencia
- Si la licencia es menor o igual a 10 días, los 3 primeros días no se pagan y el subsidio comienza desde el cuarto día.
- Si la licencia es de 11 días o más, el subsidio se paga desde el primer día.
- PRO-TIP: Antes de calcular el subsidio, revisa si en alguno de los 3 meses base el trabajador ya tuvo licencias médicas previas. Si las tuvo, debes sumar el subsidio recibido al monto neto de ese mes para reconstruir la base de cálculo correcta. Omitir este paso suele generar pagos inferiores a los que legalmente corresponden y reclamos posteriores.
¿Quién paga las cotizaciones durante una licencia médica?
Cabe destacar que durante los días de licencia médica igualmente debe cotizarse todo lo relacionado a la pensión y a la salud. Esta responsabilidad le corresponde a la entidad que se encarga de pagar el subsidio.
Sumado a ello, de acuerdo a lo descrito por la Superintendencia de Pensiones, cuando el trabajador tiene un contrato a plazo indefinido la cotización del seguro de cesantía es de 0,6% y debe ser asumida por la entidad pagadora del subsidio. El 2,4% restante debe seguir siendo aportado por el empleador.
Ahora, si el contrato del trabajador es a plazo fijo (o por obra o faena), la cotización del 3% de su remuneración imponible continúa siendo asumida en su totalidad por el empleador.
Es importante también considerar el tope imponible vigente: desde febrero de 2026, el tope imponible mensual para calcular las cotizaciones obligatorias del sistema de pensiones, de salud y de ley de accidentes del trabajo es de 90 UF Superintendencia de Pensiones. Esto significa que ningún subsidio puede calcularse sobre una base superior a ese monto.
- PRO-TIP: Lleva un registro paralelo entre la fecha de inicio de la licencia y la fecha de aprobación por COMPIN o la Isapre. Las licencias pueden ser modificadas o rechazadas parcialmente (por ejemplo, reducir días autorizados), y eso impacta directamente el cierre de la nómina del mes siguiente. Un software como Rex+ vincula automáticamente la LME aprobada con la liquidación de sueldo, evitando ajustes manuales.
¿Cuál es el plazo para entregar la licencia médica al empleador?
Para poder recibir el pago y el permiso correspondiente a las licencias médicas, el empleado debe asegurarse de entregarla en un plazo específico. Solo así podrá obtener el beneficio de la ley:
- Trabajadores del sector privado: 2 días hábiles contados desde el día hábil siguiente a la fecha de inicio del reposo médico.
- Trabajadores del sector público: 3 días hábiles contados desde el día hábil siguiente a la fecha de inicio del reposo médico.
- Independientes: 2 días hábiles siguientes a su fecha de emisión.
- Empleadores: envían las licencias médicas al organismo correspondiente 3 días hábiles luego de la recepción del documento (este plazo aplica especialmente a licencias en papel; con LME el flujo se gestiona automáticamente vía Imed o Medipass).
Cabe destacar que el empleador no puede rechazar una licencia médica. Son los organismos del COMPIN o las ISAPRES quienes se encargan de definir si la licencia procede o no. La tarea del empleador es recibir el documento y tramitarlo dentro del plazo.
¿Quieres solicitar una licencia médica? Ahora puedes hacerlo, pues ya cuentas con toda la información pertinente sobre el cálculo subsidio licencia médica Chile.
Preguntas frecuentes sobre licencias médicas
Conoce en nuestro blog las preguntas más frecuentes sobre estos documentos y cómo gestionarlos.
Es el proceso mediante el cual se determina cuánto recibirá un trabajador como Subsidio por Incapacidad Laboral (SIL) durante los días que esté ausente por motivos de salud. El cálculo considera la remuneración imponible de los meses previos, las cotizaciones que se descuentan y los días con derecho a pago según la duración de la licencia.
El monto diario del subsidio se obtiene dividiendo por 90 la suma de las remuneraciones imponibles netas de los 3 meses anteriores al inicio del reposo. A ese promedio diario se le descuentan las cotizaciones previsionales (AFP y salud), por lo que el subsidio neto diario suele equivaler aproximadamente al 80%–83% de la remuneración imponible promedio diaria, dependiendo de los descuentos de AFP, comisión y salud que apliquen a cada trabajador.
El empleador paga la remuneración por los días efectivamente trabajados durante el mes. Los días cubiertos por la licencia los paga la entidad previsional: el COMPIN si el trabajador cotiza en Fonasa, o directamente la Isapre si está afiliado a una. En el sector público, el empleador mantiene la remuneración íntegra del funcionario durante el reposo.
Depende del sistema de salud al que esté afiliado el trabajador. Si cotiza en Fonasa, el subsidio lo paga el COMPIN (Comisión de Medicina Preventiva e Invalidez). Si cotiza en una Isapre, es esa misma institución, a través de su Departamento Médico, la encargada de pagar el subsidio directamente al afiliado.
Los principales factores son: el promedio de la remuneración imponible de los últimos 3 meses, el tope imponible vigente (90 UF en 2026), las cotizaciones de AFP y salud que se descuentan del bruto, la duración de la licencia (que define si aplican los 3 días de carencia) y el tipo de licencia médica (común, maternal, profesional, etc.), ya que algunas tienen reglas de cálculo especiales.
